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NEB NGS二代測序RNA建庫試劑
——RNA建庫試劑盒、rRNA去除試劑盒

 
北京澤平代理美國進口NEB（New England Biolabs）公司NGS二代測序RNA建庫試劑盒，應(yīng)用于Illumina、MGI華大智造測序儀及其他二代測序平臺，提供NEBNext系列RNA文庫構(gòu)建試劑盒、接頭引物等，包括NEBNext Ultra II RNA 定向建庫試劑盒（特異性建庫試劑盒）、單細(xì)胞建庫試劑盒（2pg超低起始量建庫）、sRNA建庫試劑盒（Small RNA 建庫）、核糖體RNA去除試劑盒（rRNA去除試劑盒，mRNA富集）等，支持不同樣本（包括FFPE RNA、血液RNA）進行全轉(zhuǎn)錄組建庫/total RNA 建庫、mRNA建庫、lncRNA建庫、miRNA建庫等。NEB試劑性能穩(wěn)定，實驗結(jié)果具備高重現(xiàn)性。NEBNext自2009年上市以來，被≥15,000篇文獻引用。



NEBNext測序試劑盒（Kit）包括了整個文庫制備流程所需的全部試劑，許多試劑盒提供純化和片段篩選用磁珠；NEBNext模塊（Module）僅包含文庫制備其中一個步驟所需試劑，一系列NEBNext模塊可組合用于完整的文庫制備流程，滿足特殊實驗需求，接頭和引物模塊大部分單獨提供，應(yīng)用更靈活。



 
一、全轉(zhuǎn)錄組測序RNA建庫試劑盒（Illumina）

1、NEBNext Ultra II RNA 鏈特異性文庫制備試劑盒（NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina，貨號E7760）作為RNA定向建庫試劑盒（RNA鏈特異性建庫試劑盒），能顯著提高RNA測序?qū)嶒灥撵`敏度和特異性，并以更低的起始量獲得更多的RNA。該試劑盒對每個步驟都進行了配方優(yōu)化，使文庫產(chǎn)量得到成倍的增長、起始樣本量要求更低、PCR循環(huán)數(shù)更少，若與核糖體RNA（rRNA）去除試劑盒或poly(A)富集試劑盒結(jié)合使用，可從10ng~1µg的總RNA中制備高質(zhì)量的文庫。Ultra II RNA鏈特異性建庫試劑盒采用“dUTP方法”實現(xiàn)定向文庫制備（鏈特異性文庫制備），并具有精簡、可自動化的實驗流程，為反義轉(zhuǎn)錄本鑒定、非編碼RNA轉(zhuǎn)錄鏈判定、編碼或非編碼重疊轉(zhuǎn)錄本表達水平衡量提供幫助，顯著提高RNA-seq實驗價值。該試劑盒不包含接頭、引物、rRNA去除試劑、poly(A) mRNA 分離試劑，須單獨購買。

·文庫產(chǎn)量非常高，滿足更多實驗需求；
·起始量范圍廣，10ng~1µg總RNA（polyA mRNA 實驗流程或rRNA去除實驗流程），均可制備高質(zhì)量文庫；
·提高文庫復(fù)雜度和轉(zhuǎn)錄本覆蓋度；
·減少PCR循環(huán)數(shù)獲得更低的偏嗜性；
·即使是低質(zhì)量的RNA（如FFPE RNA），也有穩(wěn)定可靠的表現(xiàn)；
·節(jié)省時間，精簡實驗流程，減少手動操作時間，與自動化兼容。

此外，NEB還提供包含SPRIselect純化磁珠的NEBNext Ultra II RNA 鏈特異性文庫制備試劑盒-含純化磁珠（貨號E7765），用于片段篩選和純化，提高實驗的靈活性和可靠性。

 
2、NEBNext Ultra II RNA 非鏈特異性文庫制備試劑盒（NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina，貨號E7770）作為RNA非定向建庫試劑盒（非鏈特異性建庫試劑盒），可顯著提高RNA測序?qū)嶒灥撵`敏度和特異性，并可降低RNA的起始用量。若與核糖體RNA（rRNA）去除試劑盒或poly(A) mRNA 富集試劑盒相結(jié)合，可從10ng~1µg的總RNA中制備高質(zhì)量的文庫。

·文庫產(chǎn)量非常高，滿足更多實驗需求；
·即便起始RNA量很低，10ng~1µg總RNA（polyA mRNA 實驗流程或rRNA去除實驗流程），也可制備高質(zhì)量文庫；
·提高文庫復(fù)雜度和轉(zhuǎn)錄本覆蓋度；
·減少PCR循環(huán)獲得更低的偏嗜性；
·節(jié)省時間，精簡實驗流程、減少手動操作時間，與自動化兼容。

同時，NEB提供含有SPRIselect磁珠的NEBNext Ultra II RNA 非鏈特異性文庫制備試劑盒-含純化磁珠（貨號E7775），使片段篩選和純化更具靈活性和可靠性。




3、NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒（NEBNext UltraExpress RNA Library Prep Kit，貨號E3330）具有更快、更精簡的實驗流程，能以各種樣本類型的總RNA為起始樣本，3h完成RNA文庫制備。即使與mRNA富集試劑盒或rRNA去除試劑盒結(jié)合使用，仍可在1天內(nèi)制備出高質(zhì)量的RNA文庫。該試劑盒對所有RNA起始量（25ng~250ng總RNA）采用相同實驗流程，包含預(yù)混試劑，減少反應(yīng)時間和純化步驟。

·更快速，文庫制備流程僅需3h，即使與mRNA富集試劑盒或rRNA去除試劑盒結(jié)合使用，仍可以在1天內(nèi)制備出高質(zhì)量的RNA文庫；
·更少的純化和移液步驟，減少手動操作時間；
·更簡便易用，同一個操作流程，適用于所有起始量；
·起始量范圍廣，25ng~250ng起始量總RNA均可制備高質(zhì)量文庫；
·兼容自動化工作流程，輕松實現(xiàn)擴展。
 

圖. NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒實驗流程。


圖. 使用NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒可實現(xiàn)文庫與起始樣本之間的轉(zhuǎn)錄本表達高度相關(guān)性。
A. 使用NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分離模塊，從通用人類參考RNA（UHRR）（Agilent）中分離出含有Poly(A)的mRNA。使用NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒制備文庫，針對不同起始量樣本均使用同樣的接頭稀釋濃度（50×）和12個PCR循環(huán)，或使用定制的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)（250ng使用20×接頭稀釋濃度和10個PCR循環(huán)，75ng 使用100×接頭稀釋濃度和12個PCR循環(huán)，25ng使用100×接頭稀釋濃度和14個PCR 循環(huán)）。
B. 使用NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠從UHRR中去除核糖體RNA（rRNA）。使用NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒制備文庫時，針對不同起始量樣本均使用同樣的接頭稀釋濃度（50×）和11個PCR循環(huán)，或使用定制的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)（250ng使用20×接頭稀釋濃度和9個PCR循環(huán)，75ng使用100×接頭稀釋濃度和11個PCR循環(huán)，25ng使用100×接頭稀釋濃度和13個PCR循環(huán)）。
所有文庫均使用Illumina NextSeq 500（2×75 bases）測序。每個文庫采樣1000萬個雙端Reads，使用Salmon v1.5.1 量化所有GENCODE v38 轉(zhuǎn)錄本和ERCCs，并比較文庫與起始樣本之間的轉(zhuǎn)錄本表達相關(guān)性。每個點代表一個轉(zhuǎn)錄本，y軸代表起始量250ng總RNA的Reads數(shù)（log10），x軸代表起始量250ng、75ng和25ng的重復(fù)樣本。


圖. 針對不同類型的起始樣本，使用NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒可實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本表達高度相關(guān)性。
（A）使用NEBNext Globin mRNA & rRNA 去除試劑盒-人/小鼠/大鼠去除人全血（HWB）樣本中RNA的珠蛋白mRNA和rRNA，（B）使用NEBNext rRNA 去除試劑盒-細(xì)菌從20種不同細(xì)菌混合樣本（ATCC貨號MSA-2002）中去除rRNA。使用NEBNext UltraExpress 超快速RNA文庫制備試劑盒制備文庫時，針對每個起始量樣本使用定制的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)（250ng使用20×接頭稀釋濃度和9個PCR循環(huán)，75ng使用100×接頭稀釋濃度和11個PCR循環(huán)，25ng使用100×接頭稀釋濃度和13個PCR循環(huán)）。所有文庫均使用Illumina NextSeq 500（2×75 bases）測序。每個文庫采樣1000萬個雙端Reads，使用Salmon v1.5.1 量化所有GENCODE v38 轉(zhuǎn)錄本（HWB）和復(fù)合基因組（細(xì)菌）。每個點代表一個轉(zhuǎn)錄本，y軸代表起始量250ng總RNA的Reads數(shù)（log10），x軸代表起始量250ng、75ng和25ng的重復(fù)樣本。

 

 

 

 
二、單細(xì)胞測序RNA建庫試劑盒（Illumina）

NEBNext單細(xì)胞/超低起始量RNA文庫制備試劑盒（NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit for Illumina，貨號E6420）可從單個細(xì)胞或超低起始量的RNA構(gòu)建全長轉(zhuǎn)錄本的高質(zhì)量文庫，可單管完成從細(xì)胞裂解到cDNA的全部實驗流程，不同GC含量的樣本可使用同一種酶混液同時完成DNA片段化、末端修復(fù)和加dA尾三個步驟。優(yōu)化的實驗流程滿足了更高靈敏度、更快速的文庫構(gòu)建需求。

·從單細(xì)胞或低至2pg~200ng的RNA制備高產(chǎn)量的高質(zhì)量測序文庫；
·可用于非常難檢測的低豐度轉(zhuǎn)錄本；
·不同起始量及樣本類型，均能保證轉(zhuǎn)錄本檢測的一致性；
·不同起始量及樣本類型，均能獲得全長轉(zhuǎn)錄本和均一的覆蓋度；
·適用于體外培養(yǎng)細(xì)胞、原代細(xì)胞、總RNA；
·節(jié)省時間，快速精簡的實驗流程，非常少的操作步驟，減少手動操作時間。


圖. NEBNext單細(xì)胞/超低起始量RNA文庫制備工作流程。

 

 

 

 
三、Small RNA 建庫試劑盒/小RNA建庫試劑盒（Illumina）

1、NEBNext Small RNA 多樣本文庫制備試劑盒1（12種Index引物，NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina (Set 1)，貨號E7300）包含接頭和具有12種Index的多樣本引物，可實現(xiàn)多樣本建庫，在保證制備高產(chǎn)量和多樣性文庫的同時，更大限度減少接頭二聚體的形成。

·更大限度地減少接頭二聚體污染；
·高產(chǎn)量；
·總RNA可作為起始樣本；
·適用于甲基化的Small RNA（如piRNA）以及未甲基化的Small RNA。


圖. 適用于Illumina測序平臺的Small RNA 文庫制備流程。

同時，NEBNext Small RNA 多樣本文庫制備試劑盒2（12種Index引物，NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for Illumina (Set 2)，貨號E7580）、NEBNext Small RNA 多樣本文庫制備試劑盒（48種Index引物，NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Kit for Illumina (Index Primers 1-48)，貨號E7560），提供了不同于E7300的Index引物，用于多樣本建庫。



 

 

 

 
四、通用型RNA建庫試劑盒（Illumina+MGI）

NEBNext RNA 文庫制備試劑盒（貨號E9625）可用于Illumina和MGI測序儀，試劑盒包含經(jīng)優(yōu)化的組分和操作流程，樣本起始量范圍廣，使用10ng~1µg的總RNA樣本，均可制備高質(zhì)量鏈特異性RNA文庫（RNA定向建庫）。該試劑盒可與rRNA去除或poly(A)富集流程結(jié)合使用。

·文庫產(chǎn)量高，滿足更多實驗需求；
·樣本起始量范圍廣，10ng~1µg總RNA均可制備高質(zhì)量文庫；
·提高文庫復(fù)雜度和轉(zhuǎn)錄本覆蓋度；
·均一的轉(zhuǎn)錄本覆蓋度和GC覆蓋度；
·更大限度地減少接頭二聚體；
·穩(wěn)定可靠的結(jié)果表現(xiàn)；
·節(jié)省時間，精簡實驗流程，減少手動操作時間，與自動化兼容。


圖. NEBNext RNA 文庫制備試劑盒實驗流程。


圖. 針對不同起始量樣本，NEBNext RNA 文庫制備試劑盒均能制備高產(chǎn)量文庫。
A. 使用NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分離模塊，從人類通用參考RNA（UHRR）（Agilent）中分離出含有Poly(A)的mRNA。使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒并根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。
B. 從UHRR中去除核糖體RNA（rRNA）（NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠），使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒并根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。圖中顯示了三次重復(fù)建庫的平均產(chǎn)量，誤差條表示標(biāo)準(zhǔn)偏差。


圖. NEBNext RNA 文庫制備試劑盒能夠?qū)崿F(xiàn)均一的轉(zhuǎn)錄本覆蓋度。
A. 使用NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分離模塊，從人類通用參考RNA（UHRR）（Agilent）中分離出含有Poly(A)的mRNA。使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。
B. 從UHRR中去除核糖體RNA（rRNA）（NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠），使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。所有文庫均使用MGI DNBSEQ-G400（2×100 bases）測序。從每個文庫抽取1000萬個reads，并使用RNA STAR v2.7.8a 比對至hg38參考基因組，使用CollectRnaSeqMetrics（Picard）tool v2.18.2.2 計算1000個高豐度轉(zhuǎn)錄本的5'→3'轉(zhuǎn)錄本覆蓋度。從不同起始量制備的文庫均能實現(xiàn)均一的轉(zhuǎn)錄本覆蓋度。


圖. NEBNext RNA 文庫制備試劑盒可針對高豐度和低豐度轉(zhuǎn)錄本進行高水平檢測。
A. 使用NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分離模塊，從人類通用參考RNA（UHRR）（Agilent）中分離出含有Poly(A)的mRNA。使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。
B. 從UHRR中去除核糖體RNA（rRNA）（NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠），使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。所有文庫均使用MGI DNBSEQ-G400（2×100 bases）測序。從每個文庫抽取1000萬個reads，分別對檢測到的≤10個reads和≤500個reads的轉(zhuǎn)錄本的平均轉(zhuǎn)錄本豐度進行評估。誤差條表示三次重復(fù)的標(biāo)準(zhǔn)偏差。使用Salmon v1.5.1 對所有GENCODE v38 轉(zhuǎn)錄本和ERCCs進行比對和量化。兩個實驗流程所有起始量樣本文庫中都觀察到了高水平轉(zhuǎn)錄本檢測。


圖. NEBNext RNA 文庫制備試劑盒能夠在起始樣本和重復(fù)樣本之間實現(xiàn)出色的轉(zhuǎn)錄本相關(guān)性。
A. 使用NEBNext Poly(A) mRNA 磁性分離模塊，從人類通用參考RNA（UHRR）（Agilent）中分離出含有Poly(A)的mRNA。使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。
B. 從UHRR中去除核糖體RNA（rRNA）（NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠），使用NEBNext RNA 文庫制備試劑盒根據(jù)建議的接頭稀釋濃度和PCR循環(huán)數(shù)制備文庫。所有文庫均使用MGI DNBSEQ-G400（2×100 bases）測序。從每個文庫抽取1000萬個reads，使用Salmon v1.5.1 對所有GENCODE v38 轉(zhuǎn)錄本和ERCCs進行了定量，以評估起始樣本間轉(zhuǎn)錄本表達水平的相關(guān)性。每個數(shù)據(jù)點代表一個轉(zhuǎn)錄本，以y軸上的1μg總RNA起始樣本的reads Counts 的對數(shù)豐度（log10）與x軸上的1μg重復(fù)樣本、200ng、100ng和10ng的起始樣本進行比較。在不同起始樣本和重復(fù)樣本中檢測到的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量具有非常高的相關(guān)性。

 

 

 

 
五、rRNA去除

NEBNext rRNA 去除試劑盒能去除高豐度的核糖體RNA（rRNA）、血液中的珠蛋白mRNA，同時保留低豐度的目的RNA，其采用“RNase H”方法，將探針與不需要的、高豐度的RNA緊密結(jié)合，確保即使是降解的RNA也能被有效去除。根據(jù)物種類型，提供相應(yīng)的rRNA去除試劑盒。

·同時適用于低質(zhì)量（如FFPE）、高質(zhì)量的RNA樣本；
·起始量范圍廣，10ng~1μg；
·高效去除高豐度rRNA、珠蛋白mRNA，保留目的RNA；
·超快的實驗流程（僅需2h），手動操作時間少于10min;
·去除rRNA后的RNA產(chǎn)物可用于RNA測序、隨機引物介導(dǎo)的cDNA合成、或其它下游的RNA分析應(yīng)用;
·可提供用于RNA純化的Agencourt RNAClean XP 磁珠。


圖. NEBNext rRNA 去除試劑盒流程。單鏈DNA探針特異性的和總RNA（0.1μg~1μg）中的細(xì)胞質(zhì)rRNA（包括5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA 和28S rRNA）和線粒體rRNA（12S rRNA和16S rRNA）雜交，之后RNase H 酶降解雜交的RNA。用DNase l 降解DNA探針。使用Agencourt RNAClean XP 磁珠純化去除rRNA后的RNA。去除rRNA后可立即用于RNA測序文庫制備。


圖. NEBNext rRNA 去除試劑盒流程時間。

 
1、NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠（NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat)，貨號E7400）。

·高效去除人、小鼠、大鼠RNA中的rRNA；
·可去除細(xì)胞質(zhì)rRNA（包括5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA、人ITS、人ETS）和線粒體rRNA（12S rRNA 和 16S rRNA）；
·起始量范圍廣，10ng~1µg；
·同時適用于低質(zhì)量和高質(zhì)量RNA樣本；
·超快的實驗流程（僅需2h），手動操作時間少于10min。

NEB還提供包含純化磁珠的NEBNext rRNA 去除試劑盒v2-人/小鼠/大鼠-含RNA純化磁珠（NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat) with RNA Sample Purification Beads，貨號E7405）。


圖. 高效去除完整和降解RNA（FFPE）樣本中的rRNA，同時保留編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄本。以人通用參考總RNA（UHR，Agilent）和乳腺癌FFPE RNA（樣本保存年限分別為1年和10年）為起始樣本制備RNA測序文庫。起始RNA未經(jīng)處理或用NEBNext poly(A) mRNA 磁性分離模塊或NEBNext rRNA 去除試劑盒處理。使用NEBNext RNA 定向文庫制備試劑盒制備RNA測序文庫。將Reads與hg19參考基因組進行比對，并采用Picard RNA-seq Metrics 評估Reads分布水平。相較于poly(A) mRNA 富集方法，使用rRNA去除后制備的RNA文庫殘留的rRNA Reads 數(shù)更低，同時保留了更多的非編碼Reads。即使針對FFPE RNA 樣本，也能高效去除rRNA。


圖. 與未去除rRNA的樣本文庫之間的轉(zhuǎn)錄表達相關(guān)性。使用去除和未去除rRNA的人通用參考RNA（Agilent）和乳腺癌FFPE RNA樣本（樣本保存年限分別為1年和10年）制備文庫，去除rRNA選用NEBNext rRNA去除試劑盒-人/小鼠/大鼠。使用NEBNext RNA 定向文庫制備試劑盒分別進行建庫。使用TopHat2和Cufflinks分別進行Reads比對和轉(zhuǎn)錄本組裝、定量。FPKM（每百萬個映射讀取的轉(zhuǎn)錄本的千堿基片段數(shù)）相關(guān)性分析表明：去除rRNA和未去除rRNA的樣本文庫之間有很好的轉(zhuǎn)錄表達相關(guān)性（R>0.93)。結(jié)果說明：NEBNext rRNA 去除不會影響轉(zhuǎn)錄表達水平。


2、NEBNext Globin & rRNA 去除試劑盒-人/小鼠/大鼠（NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)，貨號E7750）可去除人、小鼠和大鼠血液樣本中的Globin珠蛋白mRNA、細(xì)胞質(zhì)rRNA、線粒體rRNA，對完整RNA和降解RNA均有作用。

·高效、特異性去除細(xì)胞質(zhì)rRNA（5S rRNA、5.8S rRNA、18S rRNA、28S rRNA）、線粒體rRNA（12S rRNA 和 16S rRNA）、珠蛋白mRNA（HBA1/2、HBB、HBD、HBM、HBG1/2、HBE1、HBQ1、HBZ）；
·同時適用于低質(zhì)量、高質(zhì)量RNA樣本；
·起始量范圍廣，10ng~1μg；
·可選用與poly(A) mRNA 分離流程結(jié)合使用，去除珠蛋白mRNA、rRNA和非編碼RNA；
·超快的實驗流程（僅需2h），手動操作時間少于10min。


圖. 在不同物種間，去除珠蛋白mRNA和核糖體RNA，富集目的RNA。從人、小鼠和大鼠全血總RNA（1μg ）中僅去除rRNA、或使NEBNext Globin & rRNA 去除試劑盒同時去除珠蛋白mRNA和rRNA。使用NEBNext Ultra ll RNA 文庫制備試劑盒分別對未去除和去除后的RNA制備文庫，并進行Illumina雙端測序（2×75 bp )。使用Mirabait ( 6個或更多，25 mers ）鑒定出rRNA和珠蛋白mRNA的Reads數(shù)。殘留的rRNA和珠蛋白mRNA水平是通過將匹配上的Reads數(shù)除以質(zhì)控過濾后的總Reads數(shù)計算得出。

同時，NEB提供包含純化磁珠的NEBNext Globin & rRNA 去除試劑盒-人/小鼠/大鼠-含RNA純化磁珠（NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) with RNA Sample Purification Beads，貨號E7755）。

 
3、NEBNext rRNA 去除試劑盒-細(xì)菌（NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria)，貨號E7850）可從革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌中特異性地去除rRNA，對培養(yǎng)的單一菌種、混合菌種（如：宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)）、以及完整的或降解的RNA都同樣有作用。

·高效、特異性去除細(xì)菌rRNA（5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA）；
·適用于革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌；
·對培養(yǎng)的單一菌種、混合菌種（如：宏轉(zhuǎn)錄組）都同樣有效；
·起始量范圍廣，10ng~1µg；
·適用于低質(zhì)量、高質(zhì)量的RNA；
·超快的實驗流程（僅需2h），手動操作時間少于10min。


圖. 從不同起始量的模擬菌群中能高效去除核糖體RNA，富集目的RNA，且保證一致的相關(guān)性。從20種不同細(xì)菌的凍干混合物（ATCC貨號MSA-2002）中提取總RNA。使用NEBNext rRNA 去除試劑盒-細(xì)菌去除核糖體RNA（rRNA），使用NEBNext Ultra II 定向文庫制備試劑盒分別制備未去除rRNA和去除rRNA后的RNA-seq文庫，并進行Illumina雙端測序（ 2×75 bp )。采用Hisat2將Reads比對到NCBI基因組數(shù)據(jù)庫中的最佳匹配菌株混合的參考基因組，并采用Picard和ht-seq count 評估重復(fù)和轉(zhuǎn)錄水平。絕大多數(shù)菌種中，起始量為100ng和10ng時，都觀察到缺失了已知的rRNA序列。

NEB提供含純化磁珠版本——NEBNext rRNA 去除試劑盒-細(xì)菌-含純化磁珠（NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria) with RNA Sample Purification Beads，貨號E7860）。


4、NEBNext RNA 去除主要試劑套裝（可任意物種，NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set，貨號E7865）支持使用定制的探針序列，實現(xiàn)從任意物種樣本中去除rRNA和其他特定RNA。提供NEBNext定制RNA去除在線設(shè)計工具，輸入目標(biāo)RNA序列可獲取定制探針序列，將合成的探針與NEBNext RNA 去除主要試劑套裝結(jié)合使用即可。

·起始量范圍廣，10ng~1µg；
·適用于低質(zhì)量、高質(zhì)量的RNA；
·超快的實驗流程（僅需2h），手動操作時間少于10min。

另提供包含純化磁珠的NEBNext RNA 去除主要試劑套裝-含RNA純化磁珠（貨號E7870）。

 

 

 

 
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